Le origini di San Marco la Catola non sono ben definite. La versione più accreditata è che il paese sia stato fondato da alcuni crociati di ritorno da Gerusalemme al seguito di Federico II. Il bassorilievo della Madonna di Giosafat, nella chiesa annessa al convento dei Cappuccini, di stile tardo bizantino, comproverebbe questa tesi. Esiste però anche l’ipotesi secondo cui furono alcuni abitanti di Montecorvino, sfuggiti ai Normanni, a insediarsi sul colle dove oggi sorge San Marco. Il toponimo, invece, deriva da San Marco Evangelista al quale era dedicata un'antica cappella. E dal vicino torrente La Catola. Del Feudo di San Marco si hanno notizie a partire dal dominio aragonese. Dopo alterne vicende esso passò nelle mani della famiglia Pignatelli nel 1656, che lo mantenne fino al 1821.
San Marco la Catola aderisce alla rete Borghi Autentici d'Italia.
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